Zapotillo tiene una historia rica y fascinante que se remonta a épocas precolombinas. Originalmente, esta área fue habitada por diversas culturas indígenas que dejaron su huella en la región a través de petroglifos y otros artefactos arqueológicos. Con la llegada de los colonizadores españoles en el siglo XVI, Zapotillo se integró al sistema colonial, convirtiéndose en una zona de producción agrícola.

En la época republicana, la región de Zapotillo se desarrolló principalmente como una zona agrícola y ganadera. El cantón fue creado oficialmente el 17 de julio de 1980, en honor a los árboles de zapote que abundan en la región. Desde entonces, ha crecido y se ha desarrollado, manteniendo un equilibrio entre la modernidad y la preservación de sus tradiciones y su entorno natural.